Lilo Setup crea ed installa un nuovo bootloader LILO.

Un bootloader serve a avviare il sistema operativo principale di un computer e mostrerà un menu di opzioni di avvio nel caso in cui vi siano molteplici sistemi operativi presenti sulla macchina.

E' necessario (ri)configurare il bootloader ogni volta in cui un altro sistema operativo viene installato sulla macchina.

LiloSetup può essere utile anche come strumento per operazioni di recupero dati; in questo caso è consigliato lanciarlo dal Live CD nel caso in cui non siate più in grado di avviare il sistema principale.